木瓜蛋白酶（Papain）簡稱木瓜酶，又稱為木瓜酵素。是利用未成熟的番木瓜（Carica papaya）果實中的乳汁，采用現(xiàn)代生物工程技術(shù)提煉而成的天然生物酶制品。它是一種含巰基(-SH)肽鏈內(nèi)切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的水解能力，同時，還具有合成功能，能把蛋白水解物合成為類蛋白質(zhì)。
木瓜蛋白酶的化學(xué)性質(zhì)：
溶于水和甘油，水溶液無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿等有機溶劑。適合PH值6～7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時亦有作用，等電點（pI)為8.75；適合溫度55～65℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強，在90℃時也不會*失活；受氧化劑抑制，還原性物質(zhì)激活。
木瓜蛋白酶的醫(yī)藥工業(yè)應(yīng)用：
1. 食品工業(yè)應(yīng)用
可利用酶促反應(yīng)，使食品大分子的蛋白質(zhì)水解成小分子肽或氨基酸。用于水解動植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、餅干松化劑、面條穩(wěn)定劑、啤酒飲料澄清劑、高級口服液、保健食品、醬油釀造及酒類發(fā)酵劑等。有效轉(zhuǎn)化蛋白質(zhì)的利用，大大提高食品營養(yǎng)價值，降低成本。有利于人體的消化和吸收。
2. 細胞培養(yǎng)
木瓜蛋白酶在準備細胞培養(yǎng)液（cell culture）的第一步中被用于分離細胞。用酶處理小組織塊10分鐘后，就可以將連接細胞的細胞外基質(zhì)打斷；然后再用蛋白酶抑制劑來停止反應(yīng)，防止木瓜蛋白酶進一步裂解細胞本身；最后用Pasteur pipette將組織塊打散為單細胞懸浮液。
3. 免疫學(xué)
在免疫學(xué)中，木瓜蛋白酶可被用于將免疫球蛋白（即抗體）的Fc片段（可結(jié)晶）和Fab片段（抗原結(jié)合）切割開。
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